巨大而神秘的的塔,是三位少年少女的向往,他们约定,建造小型飞机,飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中,拓也继续留在青森的高中就学,彼此在各自的道路上越走越远。 但是,多年后,佐由理在医院中陷入沉睡!这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症,与塔的力量有神秘的联系,而塔本身,似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人,到底是救佐由理,还是救世界!命运的解答,似乎就在云的那一端,他们曾经约定的地方。
一天,一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样,这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日,一群同志聚集在潜艇里,怀抱着拯救人类的伟大理想,包括黑暗无忧无虑的吉原义弘(宫泽义弘配音)、温柔机智的八一静香(富山直也配音)、戴着面具的神秘编织和尚(松本鸣人配音)和活泼可爱敏捷的伊豆(津田美波配音),为了夺回本应属于人类的领土,与敌人展开了一场激烈的战斗。