半空之中,漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”,那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔(种田梨沙 配音)与多萝茜(佐仓绫音 配音)穿梭于“知识之箱”之中,与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界,必须尽快予以消除。
加强反布列塔尼的力量,成为面具反叛者ZERO、黑骑士团的露露秀和被任命为第三公主幼发米亚骑士的朱雀。这两个各自增强了实力的人迎来了命运的转折点。作为第11区副知事,羽生宫宣布成立日本特别行政区。日本实行特别行政区意味着黑骑士存在的意义消失了。
炼金术是一门基于等价交换原理的科学,它理解、分解和重建物质,将一种物体转化为另一种物体。然而,如此先进的技术是人体无法提炼的,这是炼金术的绝对禁忌。