郊外神社的神殿里,九位年轻武士在秘密开会,城代家老的外甥井坂(加山雄三饰)准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎(三船敏郎饰)出现,告诉他们菊井才是背后的黑手。在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」,第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」,这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」,所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。