内容围绕着电子脑病毒的爆炸性前传作品《火》展开，这就引出了故事“壳牌移动团队的新剧场版。2029年1月，新奥滨市郊区发生了一起涉及飞机爆炸的恐怖袭击，Arakuchi领导的公安第九师收到了美国情报部门的联合搜查请求。事件嫌疑人推测是参与销售电子脑病毒和重新武装，通常被称为“纵火犯”。纵火恶魔是从卡特派来暗杀Mizuki上校的，追捕他的美国情报人员通过飞机爆炸的恐怖袭击将其杀害。草沙以水木为诱饵，设置了一个包围网来逮捕纵火恶魔。Day 2在激烈的电子脑大战中成功压制了纵火恶魔，但纵火恶魔的身份被发现与飞机失事现场发现的恐怖分子尸体信息一致！纵火恶魔是谁？在分析电子大脑的过程中，被排除在联合搜查之外的草剃小组被转移到了将Koji上校转移到美国情报部门的警卫处。然而，纵火犯成功逃脱，并杀死了设施内的所有技术人员，袭击了草剃小组。纵火犯的电子大脑中只剩下一个意志，那就是保护能让每个人进化的钥匙：火花。
在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦 配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。 在这个绝美而凄惶的国度，他们展开了似乎永无止境的旅程……
距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年，光（根岸拓哉 饰）结束了一年的海外进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈饰）和玛娜（最上もが饰）也一起加入了UPG，组成了新生UPG。
