1999年，由于数字世界中数据的异常激增，数字世界与现实世界之间的联系被破坏。在地球上，奇怪的自然现象也随之发生：东南亚没有降雨，所有的池塘都干涸了；由于持续的大雨，中东地区发生了洪水；美国遭遇了有史以来最冷的冬天。
一天，和往常一样，布朗（由妻子和丈夫木聪饰演）在一家宠物医院就诊时，一个自称是他的小姨子的神秘女人小凤（由吉高幸子饰演）突然出现，并说他的弟弟明仁（由兰井泰介饰演）失踪了。同时，萧峰还怀疑，明人失踪的原因是因为他们的亲人。
只有首相山本（石破浩饰）意识到形势的严重性，并任命田所的前妻稻盛浩（毛代一饰）为危机管理大臣，领导田所博士及其团队努力拯救日本。很快，从北海道开始，日本群岛发生了大规模地质灾害，引起了日本全国的恐慌。政府对这场灾难不知所措，唯一的海外移民政策无法应对迅速恶化的局势。日本岛屿完全沉没的现实即将展开。最终，田中博士和他的研究团队终于找到了拯救日本的方法，但这种方法的实际操作充满了困难。。。这部电影改编自日本科幻小说家小松左司的同名畅销小说。这部电影耗资20亿日元，是近年来日本电影业投资最多、推广最广的灾难片。
