应该是KERORO小队从遥远的K Long宇宙入侵地球，但在剧场版中，他们将地球从可怕的危机中拯救了出来。。。这一次，最新出现在科罗军阀面前！最糟糕的！最强的敌人！！故事告诉了东树和科罗的团队参观印加帝国马丘比丘的足迹。
在醉酒回家的路上，吉田遇到了坐在路边的一位名叫沙优（濑田佳奈配音）的女高中生。看着无处可去的可怜女孩，被酒精淹没的吉田收留了无家可归的沙友。谁知道呢，沙友决定就这样留在吉田家，不离开。吉田无法集中精力赶走沙友，所以作为做家务的交换，吉田和沙友开始住在同一个屋檐下。
由于父母离婚，刚满10岁的中植（神木龙之介饰演）不得不跟随母亲来到农村与爷爷一起生活。中植参拜靖国神社时，一次偶然的机会被选为“麒麟贤子”。当地流传着这样一个传说：被选为麒麟生育的孩子，可以获得传说中的山顶大狗守护的飞剑。
