本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
结束了与魔人布欧的惨烈之战后，多灾多难的地球重归和平，而作为救世主存在的孙君（野泽雅子 配音）还生人间，和家人们过着无忧无虑的快乐生活。这边厢Z战士们安享太平，遥远的宇宙最深处，一个可怕的神明悠然苏醒。
