白石的朋友渥美让治(佐原健二 饰)和安达谦治郎博士(志村喬 饰)随同军队前往当地调查,意外遭遇外星人的球形基地,并受到对方的邀请。外星人声称很久以前他们的星球因核战而毁灭,幸存者在宇宙间流浪寻找合适的栖息地。他们希望地球人开辟半径为3公里的土地给外星人居住,并准许他们和地球的女性通婚。人类对此表示拒绝,并组成地球防卫军和星外来客展开对抗…… 本片为东宝首部采用宽银幕的特摄作品。
谁知当一切都按部就班进行之时,意外突然发生。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美 饰)也在爆炸中丧生。经过缜密追查,素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前,阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。