然而,和平却没能一直持续下去,雫丘的上空突然出现了谜样的时空城,以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜(小宫有纱饰)。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗,但却遭遇了苦战。 战斗中,从别的宇宙赶来的青年春野武藏(杉浦太阳饰)和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽,赛罗给光、胜(宇治清高饰)进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼,和武藏一起突入进了时空城…
一位名叫农乃香(野村周平饰演)的普通高中生,由于父母离婚,搬进了图画书作家、叔叔农乃有太的空房子,开始了自己的生活。向偷偷地爱上了他的同学美乃奈,但美乃奈偷偷地向向的好朋友方志章倾诉。
故事发生在财羽大学的科学研究室,Ichikage Acorus(田裕功配音)和雪村心月(上田雄马配音)是在这里工作的两名研究生。有一天,令辛叶惊讶的是,她收到了菖蒲的供词。