在点岛和有吉进行了50米游泳比赛后，奈莎邀请了获胜者有吉陪她一起看烟花。然而，对方最终决定和所有人一起去灯塔。奈沙最终走上了通往失败比赛的道路，但目的地变成了火车站，甚至更远的东京。
为了追寻男神的脚步，铃木也独自来到东京求职，最终成功成为一家著名出版社的编辑。铃木没有想到的是，她的老板宝丽嘉黎姿（蔡采旭饰演）是一个工作狂，性格非常极端，在所有事情上都力求做到极致。在黎姿的领导下，铃木在工作场所度过了非常艰难的一天。幸运的是，出版社的摄影师龙之介（Yutaka Umori饰演）一直支持和鼓励铃木，随着时间的推移，他们年轻的爱情在两人之间慢慢孵化。
而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
