某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
银河帝国的门阀贵族社会的腐败,以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后,宇宙历8世纪末,两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆,以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军,展开了不知道是第几次的冲突。
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。