在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。
那时，这片土地荒凉，绿草如茵，天空晴朗，空气清新。让我们想象并创造我们自己的幸福家园。一次偶然的机会，他们遇到了一个叫克鲁的中国年轻人，他穿越时空，从古代到现代。凯克鲁出生在一个和平的光明部落，这个部落遭到了一个邪恶残暴的黑暗部落的攻击。克鲁不约而同地遭遇了时空的动荡，来到了现代。7万年前，大雄和他的同伴带着克鲁来到了日本。他们同情这个男孩的困境，决定帮助他打败黑暗氏族，拯救人民
