孤儿哈金（大后寿寿花 配音）从小被神父收养，没想到，表面上光鲜伪善的神职人员背地里却是个以虐待儿童为乐的禽兽。虽然生活在非人的待遇之下，但单纯的哈金从来都没有放弃过可以获得自由的梦想，没想到，这一天，她的梦想竟然成为了现实。
这是一个怪物和人类共存的世界。很长一段时间以来，怪物一直隐藏在黑暗中，不为人类所知。然而，《种族间交流法》的颁布和实施，让这个看似恐怖但实际上无害的种族走出阴影，进入了人类社会。主人公（由间岛俊二配音）是一个性格温和、没有恶意的普通人。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
