在学校里，杰伊很快就交到了一群朋友。以自我为中心、不把任何人当回事的少爷富士优（Kenn配音）外表可爱，经常用自己的可爱来操纵别人。Aoye Yoshi（由Tsuzuka Takuma配音）有着很高的智商和人气，但从不真诚地对待他人。费佐仓春人（冯永利行配音），和和夏洛克·福尔摩斯一样好奇的茶叶惠一（小林配音）。
自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
无法忘记他的前女友，酒吧老板Kido，她一直生活在回忆中；廖太郎，多年来一直在妻子和爱人之间摇摆不定；表面上看，生活似乎很幸福，但现实中，家庭主妇静江每天都怀着巨大的担忧和担忧；抛弃过去，抛弃爱人，试图用世俗的婚姻生活作为礼物来换取稳定感；李冬冬，一名独自前往日本学习的中国学生，日夜沉思着远方的爱人；一位名叫马伊子的美丽女模特，她在事业上取得了辉煌的成就，但由于一场重病对未来失去了希望；一家糖果店的女老板，多年来一直默默地为自己的爱人付出，但从未有勇气坦白；和丈夫在一起多年的小夜子，似乎有一个难以透露的秘密。在黑暗中，他们第一次在没有任何考虑的情况下说出了自己的感受。但是，当第二天太阳升起时，黑暗中发生的一切还能继续吗？从那以后生活发生了变化吗？
