与此同时,神秘天体正在接近 地球,魔界之王戴玛奥企图统治世界,他预测到大雄和他的朋友们将是他前进道路上的阻碍,于是他派出魔女美杜沙铲除这些绊脚石。大雄他们遇到了空前的危机……人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。