2009年4月~6月に放送された人気TVアニメの完結編となる劇場版2部作の第1部。監督は「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」の神山健治。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
日本刮起了所有的铁锈风。铁锈腐蚀了小镇和生活,人们生活在恐惧之中。为了拯救垂死的主人,蘑菇无防御能力的蘑菇叛逃者BISCUS家族的男孩四处寻找蘑菇的药物。