在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
某一日,一个名为莉柯丝(石见舞菜香 配音)的少女被一位名叫查克罗(花江夏树 配音)的少年发现在了废墟之中,当男孩遇见女孩,命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃(岛崎信长 配音)、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼(梅原裕一郎 配音)、天真可爱不谙世事的萨米(金元寿子 配音),在岛上,每一段相遇都会交织出一段新的乐章。
路飞(田中真子配音)和他的草帽海盗团队在新世界开始了一场新的冒险,这次他们来到了世界上最大的娱乐城市古兰·特佐罗。它也是一个独立的国家,也是一个得到政府承认的非武装地区。这是一片“绝对圣地”,世界政府无法轻易触碰。