为了同这股势力抗争,一群名为“舰娘”的女孩子们出现了,在她们的体内,栖息着舰艇之魂,亦是明日呢化身成为各式各样的战舰,为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里,舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练,某日,一位名叫吹雪(上坂堇 配音)的活泼女孩出现在了大家的面前,初来乍到的她踌躇满志,热情满满地加入了舰队的新生活中去,在这里,充满了精彩和刺激的日常就此展开。
这是在人体内。在这个世界上,许多细胞都在努力工作。在某一天,白细胞(中性粒细胞)和红细胞遇到了含有迷路乳酸菌的普通细胞。为了将乳酸菌护送到它们的同伴身边,白细胞(中性粒细胞)和正常细胞向肠道出发。