之后,一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,竟然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位激进的环保主义着,妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物,而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚(后藤邑子 配音)的帮助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一起,决心破解四膳守的阴谋。
在父亲负债累累离家出走后,一位名叫桃园奈生(三森玲子配音)的女高中生的生活从此发生了变化。她在一次偶然的机会中成为了土地神,并爱上了妖狐巴威(李华深之配音)。在与巴卫签订了神使合同后,他们的关系似乎又近了一步。