那个被欺负的孩子， “南云石和他的同学们被召唤到了一个不同的世界。尽管学生们反复展示了他们在战斗方向上的特殊能力，但他们一开始只具备炼金术士的普通能力。
川谷一次行动中邂逅的美丽女子阿咲，两人坠入情网，成家并育有一女阿蝶（石原真理子 饰）。然人在江湖，身不由己，弥助最终被迫抛弃妻女回到影十手。20年后，弥助在追查传藏（地井武男 饰）及其情妇（夏木玛丽 饰）的行动中，偶遇已长大成人的女儿阿蝶。这次相会自此改变了父女各自的人生……
之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
