中原须柰子是一个不爱打扮、不爱化妆，最喜欢看恐怖电影，收集恐怖物品的15岁中学生。而且她还有一个奇怪的表现，就是一旦看到帅哥美女就会流血不止。
中年的高谷里一辞去了在东京被压抑的工作，回到家乡新泻，担任长途通宵巴士司机，开始了新的生活。一天晚上，就在他即将离开的时候，16年前与他离婚的前妻嘎嘎美雪上了火车。
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
