面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
我的名字是乾十三。经过那场大战后，这座城市满是身体机能受过扩张处理，被称为「扩张者」的人们。我在这里以「处理」与扩张者相关问题的工作作为生计—— 一名男子造访了十三——头部为枪的扩张者——的事务所。
这两个人正计划前往温德普岛偷走珍贵的钻石时钟，而金色梅里很可能被驻扎在岛上的扑克牌海盗集团偷走。不久后，他们遇到了扑克海盗队，但在第一次遭遇战中，他们被击败了，娜美甚至被另一支队伍带走了。为了取回飞船和同伴，以及获得钻石时钟，草帽海盗队和小偷兄弟相互对抗，向Windup岛前进。。。本片改编自日本漫画家小田荣一郎的同名原作，是2001年上映的第二部动画剧场版，由小田兼任作画监督。
