故事发生在一个依靠着音乐才赖以生存的地方都市之中,音羽歌苗(小松未可子 配音)是一位平凡的高中一年级学生,本来出生在显赫世家的千金大小姐,却因为父母的不断挥霍而不得不早于同龄人许多步,开始思考起自己未来的生计问题。
谁知当一切都按部就班进行之时,意外突然发生。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美 饰)也在爆炸中丧生。经过缜密追查,素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前,阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。