在这紧要关头,人类组成宇宙舰队远征火星,结果几乎全军覆没,侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时,一个神秘装置穿越万里银河坠落地球,经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助,人类决定孤注一掷,派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进(木村拓哉 饰)应召归队,和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
故事告诉了突然出现的未知生命形式“加多尔”,多年来人类陷入了灭绝危机。为了保护自己,幸存的人们建造了一座高达3000米的巨大移动堡垒“DECA-DENCE”。
悲伤的爱德华和阿方斯兄弟试图用炼金术的最大禁忌——人体炼金术来拯救他们死去的母亲,但他们遭受了巨大的灾难。阿尔方斯失去了自己的身体,他的灵魂被盔甲囚禁,而爱德华则以右臂和左脚为代价,迫使他的弟弟停在黑社会的门口。