世纪王·黑日必须和世纪王·影月进行赌上性命的战斗，胜者就可以成为新一任的世纪王。但是被改造成为黑日的光太郎在秋月总一郎的帮助下，成功在脑改造手术前逃脱出来。此后光太郎成为假面骑士Black，为了保护日本，救出信彦而与戈鲁戈姆对抗。但是信彦却在被救出之前就变成世纪王·影月，于是光太郎不得不与他唯一的亲友信彦进行宿命的战斗。
日本科学技术大学教授上田次郎（阿部宽饰）是一位物理学家，因为出版了《滚过来，超常现象》系列丛书而被别人称作“滚过来”教授。这些书描述了他破解诸多自称超能力者的骗局的故事。其实，真正破解这些圈套的是一位落魄的魔术师。
此时的涉谷地区，正在发生名为“New Gene”的连续猎奇杀人事件，以被害者死状惨烈而臭名昭著。一日，拓己在网络聊天室里遇见了一名自称将军（代永翼 配音）的神秘人物，将军用津津乐道的口吻预言了下一次的猎奇杀人事件始末，并且传来了血腥暴力的现场照片。 一开始，拓己只当其是恶作剧者不予理会，但数日后，将军所预言的一切都成为了现实。拓己偷偷潜入犯罪现场，撞见了浑身是血眼神空洞的女生咲畑梨深（喜多村英梨 配音）并认定她就是杀人凶手。但不久之后，梨深却又以昔日老友的身份出现在了拓己面前。凶手究竟是谁？将军的真实面目是什么？在现实与幻想之间，拓己混沌的头脑要做出一次又一次的关乎于性命的选择。
