当初田中搬家到了长崎,此番重逢后不仅将姓改成了马渕,性格似乎也发生巨大的变化。以班级活动为契机,双叶、马渕、马渕的好友小凑亚耶(吉泽亮 饰)、特立独行的高冷女村尾修子(新川优爱 饰)以及因过于可爱而遭到孤立的槙田悠里(藤本泉 饰)聚到了一起。原本他们的情感便彼此交错,而隔壁班的天才帅哥菊池冬马(千叶雄大 饰)、教师田中阳一(小柳友 饰)以及马渕在长崎的旧友成海唯(高畑充希 饰)又让男孩女孩们的关系更为复杂,于是平添了无数的烦恼…… 本片根据漫画家咲坂伊绪的同名原作改编。
一天,瑞德的老熟人利特(高尾乐器配音)突然来到瑞德的药店。事实证明,她从各种消息来源得知,瑞德就是当年失踪的吉迪恩。慢慢地,丽塔留在了药店,一边帮助她工作,一边开始与瑞德同居。之后,瑞德的妹妹鲁蒂(由大口直美配音)和瑞德的前战友阿兰德拉(由田雨弥配音)也出现在瑞德身边。
作为动画3期的先行,以《摇曳百合:暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话,内容则是2014年11月上映的《摇曳百合:暑假时光》的后续