當未確認生命體再次出現,連G3也不是其對手時,神秘的金色幪面超人亞極陀登場,這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身,起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家,認識了擁有超能力的風谷真魚,真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶,並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中,發現一本記事薄,當中提及之姓名卻無人知曉,查探父親死因後,竟發現自己是另一個幪面超人-磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀,所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險,幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一,涼以及誠所打敗。 後來,涼誤會女朋友是被亞極陀所殺,造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3,G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使,警方有見及此更厲害的武器-G3-X。在G3-X和亞極陀合作下,未確認生命體雖然愈來愈厲害,但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身,他雖然會優先對付未確認生命體,但亦會對付磯烙使和亞極陀,因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗,又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主,他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3,起初四人不敵,但翔一打破恐懼,令亞極陀的力量再上一層,再合四人之力,將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀,而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀,真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊,要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類,以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈,翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
在一场车祸中,长井惠(佐藤贤三饰演)意外发现自己是个“亚洲人”。亚洲人拥有与人类相同的外表,拥有惊人的自我修复能力和永生。为了获得亚洲人的神秘力量,政府逮捕并监禁了今天被发现的亚洲人,包括吉永井,并对他们进行了残酷的活体实验。
然而,他等待着墨家刘德华,他提倡“既爱又不攻”,没有吸引力独自面对挑战。葛离的突然袭击使赵军无功而返。后来,为了随时应对赵军的巨大进攻,他亲自训练并制造了无数特种武器。凉城的所有人都被他折服了,更让一岳将军(范冰冰饰)钦佩不已。然而,在这个时候,他的周围也弥漫着杀气。