当他认为崭新的校园将继续和平的日子时,一个名叫Yoshinosu(佐佐仓雅子配音)的女孩出现在了他的面前。奈绪也是一个超级能力载体,可以对特定的人隐身。此外,可以移动传送的高木真弘(水岛大洲配音),以及校园偶像黑宇优坂(内田真司配音),他们可以吸引他死去的妹妹黑宇美纱(内田真司配音)的灵魂。当这些年轻女孩在未知力量的牵引下走到一起时,命运的车轮开始转动。
日本防卫省特种部队的精英内岛维辰(木佩·希娜饰)向学生们介绍了这种怪物。他拥有20马赫的超高速,人类的普通武器对他没有任何影响。为了防止怪物在一年后阴谋毁灭地球,人类必须想办法消灭他。而怪物自愿担任E班的班主任长达三年,因此无能为力的学生承担起了刺杀怪物的责任。之后,学生们接受了内岛的严格训练,刺客碧姬(Kei饰演)、智能机器人自主思考固定炮塔(桥本春奈饰演)、转学生森荷里(Kato Keishiro饰演)和教官秋原明(Takashima Masahiro饰演)等强大对手也纷纷来到这个暗杀教室,离奇的“杀害老师”将面临无休止的暗杀行动。。。这部电影改编自松井有政的流行漫画。