羅馬尼.阿基曼思考自己將要作出的選擇、瑪修則因自己尚餘不多的日子,心裡充滿千愁萬緒。而藤丸則為了最後戰役,穿上新的禮裝。 賭上過往大大小小的相遇,以及眾多的未來,藤丸與瑪修踏上征途……故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。