故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。
然而,在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华(罗米·帕克配音)和阿方斯(奈宫丽姬配音)兄弟,由于对母亲的极度思念,不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿,他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切,为了恢复并寻求更多的炼金术知识,他们成为了国家炼金术师,并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索,兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相,对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时,面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
作为动画3期的先行,以《摇曳百合:暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话,内容则是2014年11月上映的《摇曳百合:暑假时光》的后续