这支部队由中岛中将创建，旨在对抗现代大国的情报战，但零机构目前的任务是应对隐藏在东京的吸血鬼事件。被指派担任这项工作的人是最强的人类前田吉野，这个国家排名最高的吸血鬼，也是机制的新人黑井秀夫。他的智慧超乎寻常，从江户时代起就一直存在。他也是一个疯狂的科学家，喜欢他日渐衰老的大脑竹内。以上是零机构执行部队的成员。吸血鬼的数量越来越多，秘密行动的阴影，神秘的人造血液的存在，以及这些事件的冷眼观察者是S级吸血鬼Dave Roth，尽管他已经300多岁了，但他的外表与儿童相似。零机制今天，穿梭于大正的浪漫之夜。
在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦 配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。 在这个绝美而凄惶的国度，他们展开了似乎永无止境的旅程……
