《超市之女》描述一个傻头傻脑的老板五郎,不善经营旧式超级市场「正直屋」,在另一家擅於耍弄行销的「减价大王」超市的威胁下,生意一落千丈。「减价大王」更打算以高薪挖走「正直屋」多个部们主管,「正直屋」前景岌岌可危。一名普通高中生佐藤由纪收到了一封来自一款闻所未闻的应用程序“达尔文游戏”的电子邮件。该应用程序是在一款游戏中推出的,玩家参与了一场由电力驱动的战斗。