御茶水工业大学生早乙女和也,因恶友南原耕太郎的阴谋赠送的病毒CD发作、试图抵抗之下,居然莫名奇妙的连结到生化达因公司网站,还误订了生化娃娃(Cyber Doll,简称CBD)。快递员送来了生化娃娃小梅,开启了和也与小梅的故事。怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱,特殊防卫队Xio的队员大空大地(高桥健介 饰)被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。