E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻，而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利（福山润 配音）在枢木朱雀（樱井孝宏 配音）的陪同下取得了前线指挥权，凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中，圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）躲在暗处，相机而动。对手一方，名为“方舟船队”的革命组织扬言发动恐怖袭击，从而在E.U.控制下的巴黎引发暴乱，军方的反对派势力则趁机蠢蠢欲动。此前空降到华沙的阿基德（入野自由 配音）和蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）等人因种种原因流落街头，他们遇到了一群奇怪的老太太，从而过上了几天难得的轻松生活，彼此间似乎也多了些心灵上的交流。 这是风暴前夕最后的平静时刻……
在这种情况下，斯巴达克斯比以前更加确信他可以赢得罗马；阿祖尔死后，打算离开盔甲回到田野的妮维亚和克雷斯也找到了为他们而战的精神力量；相反，加尼克斯开始在床上沉溺于腐朽的生活，并与美丽的蛇萨莎交往。另一方面：罗马元老院得到了富有的克拉苏的援助。克拉苏是一个勇敢而足智多谋的人物，他理解前任的经验，尊重对手。随着年轻而经验丰富的凯撒的加入，克拉苏斯和斯巴达克斯之间的战争迫在眉睫。简而言之，《斯巴达克斯：亡灵之战》将为您带来前所未有的传奇史诗之旅。
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
