故事发生在一年的战争期间,与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人,基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。
值此危急时刻,公安九课少校的草薙素子(坂本真绫 配音)率领队员巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等人迅速展开行动,与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队,还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害,公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相,在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
洼田飒太(北村匠海 饰)是一个性格内向的男生,不擅长交际的他自然也没有什么朋友,一直都过着形单影只的生活。一次偶然中,飒太捡到了一盒磁带,磁带的主人是已经去世了一年的乐队主唱宫田(新田真剑佑 饰)。