很快,世界各地建立了名为“花园”的专门学校来培养百合,每一所学校都有自己的名字和特点。我们的女主人公,一流莉莉(红尾灯修炼),就读于莉莉山女子学院。在学校里,李莉遇到了这些并肩作战的同伴,包括冷酷而个人主义的角色白静梦洁(白木洋子配音)、金汤匙出生的女儿努维尔(井上和子配音)和拥有非凡智慧和渊博知识的二川二水(日本良美配音)。
一起意外的发生令伊织陷入了困境,所幸得到了一贵和其好友寺谷(小伏伸之 配音)出手相助,才得以平安度过难关,伊织和一贵之间的关系也因此迎来了新的局面。就在两人距离越来越近之时,一贵久违的青梅竹马逸姬(中世明日香 配音)横插一足,对一贵发起了热烈的进攻,伊织因此误会了一贵真正的心意,在悲伤之中,她决心成全一贵和逸姬。
當未確認生命體再次出現,連G3也不是其對手時,神秘的金色幪面超人亞極陀登場,這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身,起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家,認識了擁有超能力的風谷真魚,真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶,並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中,發現一本記事薄,當中提及之姓名卻無人知曉,查探父親死因後,竟發現自己是另一個幪面超人-磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀,所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險,幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一,涼以及誠所打敗。 後來,涼誤會女朋友是被亞極陀所殺,造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3,G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使,警方有見及此更厲害的武器-G3-X。在G3-X和亞極陀合作下,未確認生命體雖然愈來愈厲害,但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身,他雖然會優先對付未確認生命體,但亦會對付磯烙使和亞極陀,因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗,又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主,他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3,起初四人不敵,但翔一打破恐懼,令亞極陀的力量再上一層,再合四人之力,將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀,而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀,真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊,要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類,以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈,翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。