故事发生在遥远的未来,肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰,为了抵挡异兽的进攻,日本政府成立了防卫组织TLT,其中,夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器,是整个组织内部的中坚力量。
在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
大浩真人(石黑春贵配音)是一名非常普通的男高中生。和大多数同龄男孩一样,真人对游戏和勇者斗龙的古老传说很感兴趣。唯一让真人感到困扰的是,他有一个过度保护和关心他的母亲真子(由茂叶爱一配音)。