4人の「王」が交錯した学園島事件以降、白銀のクランズマンである夜刀神狗朗とネコは、生死不明となった主であり「白銀の王」のであるシロの行方を追っていた。しかし、なかなかその手がかりをつかめず、気を落としていた2人は、「赤の王」を主とする能力者集団「吠舞羅(ホムラ)」のメンバーである鎌本力夫と櫛名アンナが、何者かに追われている場面に遭遇し……。監督はテレビ版に続き鈴木信吾、アニメーション制作は「マルドゥック・スクランブル」のGoHands。
樱井奈奈(花泽香菜 配音)是一位平凡而又善良的可爱女生,某日,奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面,被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引,产生了加入的念头。就这样,奈奈进入方南高中,加入了STRIDE部,开始了在这里的学习生活。
2005年,美国国家航空航天局发现了一颗类似地球的外星行星,并确定其上可能存在智慧生命。为了与外星智慧生物取得联系,美国国家航天局启动了“灯塔计划”,并在夏威夷发射了一个深空通信阵列基地,传输高功率信号进行探测。几年后,一艘外星飞船意外抵达。