世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
前编：诚龙高中为了迎接50周年校庆而打算举办文化祭。在学生会举行的会议上，戏剧部部长莺谷向学生会会长提出了一个建议。为此会长邀请M的五人到他的私人别墅将以超豪华的大餐招待他们。到了那里，M的五人才知道会长的真正用意。
有一天，他们三个人在外面散步。在一阵奇怪的闪光之后，熙熙攘攘的涩谷街突然变得空无一人。就在三个同伴互相看着的时候，游戏开始了。被迫参加游戏的他们三人逐渐意识到，他们被卷入了一个可怕的丛林世界，只有不断参加组织者设定的游戏，才会充满死亡风险。只有这样，他们才有机会继续生活，他们三人之间的友谊也在游戏中经受着前所未有的考验。
