数年后,在人类与“柱”持续战斗的天空中,身披战翼的女武神们以及支援者女武神的男人们,为了拯救世界而拼上性命翱翔天际。日本也不例外,与耸立于灵峰富士的巨大柱对峙的3名女武神。她们每个人都具备强劲的能力,但却都是些问题儿童。此时,一位王牌飞行员因某些缘由从欧洲前来…… “来吧,是反击的时候了,人类。终将来临的决战之日——诸神的黄昏已近在眼前。”
21世纪。人类终于实现了与其他智慧生物的接触。但这次相遇并不是一件幸福的事情。从黑社会入侵的怪物使大多数现代武器失效,人类的命运就像风中的蜡烛。但在同样饱受黑社会之苦的精灵环境条约机构的帮助下,人类实现了复活游戏。这就是那个神奇的女孩。
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。