某日,零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴,擅长照顾他人的大姐川本明里(茅野爱衣 配音)、个性开朗乐观,非常不擅长料理家事的二姐川本日向(花泽香菜 配音)和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃(久野美咲 配音)。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖,找回了久违的快乐。与此同时,二海堂晴信(冈本信彦 配音)、三角龙雪(杉田智和 配音)和松本一砂(本村昂 配音)等强劲对手的出现,亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。
为了保护国家不受东京湾出现的未知事物的影响,年轻女孩们在东京、神奈川和千叶的各个防御城市作战。东京由Akira Corporation领导,神奈川由Orange Company领导,千叶由Ferry领导,创造了一个“QUALIDEA”的世界。在几十年前的“未知”入侵中,被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们终于从睡梦中醒来,他们获得了一种新的力量,“世界”,其中的铃鹿泉和宇多良金丝雀也在其中。来自各个城市的代表聚集在一起,在三个城市的定期会议之后,墨西哥湾沿岸的Aqua Line南部水域证实了大规模的未知反应。东京、神奈川和千叶防卫城立即发动进攻。公主在消灭Unknown时意外摧毁了重要设施,修复水线的任务落到了各个城市的代表身上。朱雀等人用自己的努力加快了修复进度。就在水线被修复的时候,一项新的任务出现了。年轻人的世界可以扫描他人的视觉、听觉和主观印象,然后再回放。朱雀等人从目击者的角度看到了未知生物在海里的疑似存在,搜索任务随即开始。在Aqua line海萤火虫前方的海域,看到了一个未知的超巨型,这是一个比之前最大的Terry类更大的新模型。管理层暂时将这种新模式称为利维坦班,明天早上日出时,三所学校将一起作战,这是一场与以前完全不同的战斗。为了证明他们的朱雀提前赶到现场,金丝雀发现后也赶来支援,但敌人这次的能力完全超出了他们的想象。金丝雀的受伤让朱雀感到非常内疚和自责。来自所有三所学校的代表聚集在一起,开始攻击利维坦级别的未知事物。然而,即使公主的全力出击也丝毫无损。恢复原状的朱雀立即组织人员发动反击,来自全国各地的战斗人员积极加入战斗。从医院醒来的金丝雀得知,战斗结束后,每个人都决心去战场,她的歌声激励了所有人。
百年战争见证了血流成河。在经历了无数次的战场杀戮之后,曾经相信自己可以凭借自己的力量在动荡的时代生存下来的Gus(岩泽明配音)逐渐与Kasjia等战友建立了深厚的信任感和友谊。