在新的故事中,神秘动物学的组织“皇帝组织”将勇敢面对这只巨型怪物,强大的哥斯拉也将与门兹拉、拉顿及其死敌基多拉三王展开激烈对抗。当这些传说中的超级生物再次崛起时,他们将进行皇室斗争,人类的命运岌岌可危
虽然哲夫也爱上了温柔美丽的杏子,但向来过惯了自由自在生活的他却从来没有想过要和杏子结婚。虽然杏子和哲夫约定自己先回东京等他,但哲夫却并没有勇气赴约。 终于,杏子识破了哲夫满口的谎言,知道自己一直都在被他玩弄着感情,悲伤和痛苦之中,她选择和一名公司总裁结婚了。蜜月时,这一对新婚夫妇再度来到了三藩市,在那里,他们和哲夫重逢了。
讲述日本首屈一指的大医院被戴着鬼面的神秘武装集团占领,停职中的刑警武藏三郎(樱井翔 饰)被卷入事件,设法营救100多名人质的故事。