讲述了即将成为白凰女学院3年级生的女主角加藤茉莉香,因持有“私掠船只执照”而成为了合法的宇宙海贼。她一边维持学业,一边要履行社团“宇宙风帆部”社 长的职务,还要在咖啡店打工,同时还要兼任宇宙海贼船“辩天丸”的船长一职,每天过得异常忙碌。
命运中的相遇出现了,小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是,这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi(由加藤英美配音),并提出了一个特殊的要求,希望小圆能与它签约,成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在,肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励,丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中,小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽,而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级,关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。