由于童年的悲惨遭遇,直枝理树(堀江由衣 配音)的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸,沉默寡言,没有朋友,这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日,性格傲娇爱猫如命的枣铃(民安智惠 配音),正直开朗稳重可靠的枣恭介(绿川光 配音),四肢发达头脑简单的井之原真人(神奈延年 配音),成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾(织田优成 配音)四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”,想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样,理树成为了LB中的一份子,整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中,本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来,理树也逐渐敞开了紧闭的心门,找回了久违的快乐。他开始明白,只要有一颗开朗向上的心,这样的生活一定能够继续下去直到永远。
由于缺乏处理复杂人际关系的专业知识,一个刚上高中的名叫安藤聪(Kiyotsu配音)的年轻女孩决定不加入任何俱乐部,成为了一个真正的“返校部”(一个放学后直接回家的学生)。出乎意料的是,在她的学校里真的存在着一种身体上的“回归家园部门”。