在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
直到有一天,他邂逅了一名叫做泽斯(樱井孝宏 配音)的神秘男子。泽斯告诉夕月切记不要在红月之夜外出,不然后招惹到杀身之祸。而二人的相遇开启了所有故事大门的钥匙,命运的齿轮又开始运转,不可思议之事围绕着夕月和泽斯接二连三发生,而泽斯和夕月其实早已相识已久且关系非同一般…… 本片改编自漫画家小田切萤的同名漫画。