主人公朝仓纯一进入风间学院,继续过着自己的校园生活。他的流行语“太困了”消失了,变成了一个外向、勤奋、热爱运动的年轻人。此时此刻,他的两个姐妹,两年前离开的朝仓银梦警方為應付未確認生命體而開發了G3系統,這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來,裝著員是一位叫冰川誠的警員,為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明,並進行解碼。