为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
出于某种原因，有两种类型的学生：“中学生”和“成年人”。Sakuta别无选择，只能开始和祥子住在一起，被“成年祥子”取笑，她和马伊琾的关系变得尴尬。就在这时，“中学生祥子”病重的事实被发现了，佐久田的伤口开始隐隐作痛。
已经担任过警察的浅沙俊平（北村一宏饰演）回到母校帝国大学，邀请12岁的同学福山康树协助破案。汤川和他的团队抵达犯罪现场附近，一边欣赏海滩风光，一边寻找案件线索。随着谋杀案调查的进展，只想还原案件物理原理的汤川逐渐接近案件真相。然而，在这个时候，他还没有意识到人类的心脏也是一门科学。。。影片中还穿插了唐川和曹绍的故事。在海风的吹拂下，格拉斯·剃刀向Yukawa的学生Yano Valley（由长泽安美饰演）讲述了一个故事，讲述了他在大二时与年轻的Yukawi（由三浦晴饰演）结成搭档的故事。。。SP改编自系列小说《操纵》和《堕落》中的两个故事，与剧场版《嫌疑人X的牺牲》同日上映。
