在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。
故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。
另一方面，第二位王子苏纳泽尔与黑骑士队取得了联系。他向范、藤田和其他人透露了ZERO的秘密，ZERO动摇了他们的统治。战争进一步加剧，吞噬了每个人的愤怒、悲伤、坚持和欲望。我们现在应该为未来做什么？这是《零城之魂歌》。埋葬充满仇恨的旧时代，为新时代祈祷。鲁鲁修和朱雀的故事迎来了一个充满挑战的明天。
