伴随着隆隆作响的电梯，一位老者来到了装修豪华的迷之钟点屋。在美丽女侍者的引导下，他来到吧台前，和先期到达的一名男子并肩而坐。银色头发的男服务员询问了二人来到这里的经过，随后向他们通报了重要的信息：青年和老者即将参加一场游戏，游戏的筹码则是各自身家性命。青年闻听顿时暴走，可是找遍建筑的每个角落也没有可以逃出的地方。而且如果拒绝参赛的话，将遭到无情的杀戮。正待青年迟疑之际，老者则抢先按下统一参赛的按钮。经过选择，他们二人的比赛形式定为“死亡台球”。 自诩球技尚可的青年，及至交手才发现眼前貌不惊人的老人球技竟如此高超，他们的生命面临最严峻的考验……
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
