17世纪的关原之战,德川家族一统天下已成大势所趋,但是丰臣氏依然存有较强的实力。此后的日子里,双方的忍者集团爆发连番对决,平静的表象下战况激烈。在两大家族之外,始终宣称保持中立的真田家则成为整盘棋的关键。202X年,名为「兰道夫症候群(ランドルフ症候群)」的症状感染扩散至全世界,受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时,在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆(アサイラム)」。